Durante las siguientes elecciones se obtienen resultados moderados en elecciones locales y municipales, incluso en Barcelona, conocida como la novena provincia andaluza por su alta población de andaluces e hijos de andaluces.

Bajo el nombre de Partido Andalucista. En 1996 los andalucistas participan en el Gobierno autonómico andaluz en coalición con el PSOE. Es la primera vez que un partido exclusivamente andaluz forma parte del Gobierno de Andalucía elegido democráticamente, ocupando las Consejerías de Relaciones con el Parlamento y la de Turismo y Deporte, a cargo de Antonio Ortega y José Nuñez respectivamente.

En 1999 se presentan a las Elecciones Europeas, con la Coalición Europea, coalición nacionalista en la que concurrirán a las Elecciones Europeas Coalición Canaria, Unión Valenciana, Partido Aragonés Regionalista y el propio PA.

El Presidente de la Coalición es el entonces Secretario General del Partido Andalucista, Antonio Ortega. En las elecciones municipales de junio, el Partido Andalucista obtiene 356.000 votos, 30 alcaldías y 545 concejales.

Es el mejor resultado de su historia, que le convierte en la quinta fuerza política de España.

Durante esta época, Pedro Pacheco (alcalde de Jerez de la Frontera durante muchas legislaturas) deja el partido fundando el suyo propio, para el que recupera el nombre histórico del partido: Partido Socialista de Andalucía.

En octubre de 2000, se celebra el XII Congreso Nacional en Torremolinos (Málaga). En el mismo se produce una de los momentos cruciales del partido de los últimos años. Se presentan 3 corrientes: la oficialista, la de Nuevo Andalucismo liderado por Julián Álvarez y Antonio Moreno, y la de Mayoría por el Cambio liderada por la concejal de Sevilla María del Mar Calderón (corriente en la que Pedro Pacheco participaba).

En dicho Congreso se producen situaciones extrañas como por ejemplo no aceptar el voto secreto a pesar de las numerosas peticiones, para refrendar el informe de gestión de Antonio Ortega, y que a la hora de votarse a mano alzada se comprueba que se hace mal y se deniega la posibilidad de repetir la votación.